果胶酶的作用原理主要是通过降解果胶质，使细胞间的果胶分解，从而把细胞从组织内分离出来。具体来说，果胶酶是一种生物酶复合物，通常包括原果胶酶、果胶甲酯水解酶、果胶酸酶等。这些酶协同作用，将果胶的多糖链和甲酯基团分解，生成水溶性的半乳糖醛酸和小分子物质，使得果汁中的固形物失去依托而沉降，从而提高果汁的澄清效果，加快果汁的过滤速度，并增加出汁率。

果胶酶的应用包括：

在果蔬汁饮料及果酒的榨汁及澄清过程中，帮助分解果胶，提高榨汁效率。

在水果加工中，用于加速果汁过滤和澄清。

在饲料工业中，用于提高青贮饲料的品质。

果胶酶的作用条件一般是在pH值3.0-6.0，最适pH值为3.0，作用温度通常在15-55℃之间，最适温度为50℃。